Trong kháng chiến chống Pháp, Thanh Hoá thuộc vùng tự do, là hậu phương của cuộc kháng chiến chống quân xâm lược. Bấy giờ, trên địa bàn Thanh Hoá có 3 đơn vị Quân Y thuộc Cục Quân Y, Tổng cục Hậu Cần (Bộ Quốc Phòng) đóng tại Thiệu Hoá và Yên Định, đó là: Quân y viện 31, Quân y viện 41 và An dưỡng đường liên khu 3.

Năm 1951, trước những yêu cầu mới của cuộc kháng chiến và đáp ứng tình hình phục vụ chiến trường, Tổng cục Hậu cần, Cục Quân y quyết định sáp nhập ba đơn vị nói trên thành quân y viện 71.

Từ mốc son năm 1951, Bệnh viện 71 đã được hình thành trong kháng chiến gian khổ, nhưng cái tên thân thương Bệnh viện 71 bắt đầu trở thành địa chỉ gắn bó với Quân đội, với quê hương Thanh Hoá anh hùng.

Quân y viện 71 lúc đó đóng quân tại Đa Nê, Đắc Lộc, Bồng Văn thuộc Huyện Yên Định, tỉnh Thanh Hoá do Bác sỹ Nguyễn Tấn Phát phụ trách.

Những ngày đầu thành lập trong cuộc chiến đấu chống Pháp vô cùng khó khăn gian khổ, Cán bộ chiến sĩ của Quân Y viện 71 đã tích cực hoạt động, thu dung điều trị bệnh nhân, thương bệnh binh từ các chiến trường đưa về.

Bên cạnh công tác cấp cứu chiến thương, để đáp ứng tình hình bệnh tật lúc đó, quân y viện cũng điều trị cho nhiều bệnh nhân lao trong quân đội.

Đồng thời Quân Y viện vừa làm việc vừa tự đào tạo cán bộ chuyên môn bằng nguồn nhân lực tại chỗ. Một số lớp y tá đã được đào tạo tại Quân y viện 71 trong thời gian này để kịp thời cung cấp nhân viên y tế cho nhu cầu chăm sóc thương bệnh binh.

Về tổ chức, Quân y viện được chia thành nhiều trạm nhỏ để cơ động phục vụ và tránh sự phát hiện của máy bay oanh tạc: phân viện 71 đóng tại Tâm Quy, phân viện 72 đóng tại Chiềng, phân viện 73 đóng tại Phác Đồng là các địa phương đã giúp đỡ tạo điều kiện cho Quân y viên những ngày đầu gian khó. Các địa danh này đều thuộc Huyện Yên Định và Thiệu Hoá, Thanh Hoá. Cơ sở vật chất của Quân Y viện đều chủ yếu dựa vào nhân dân địa phương. Nhà điều trị của bệnh nhân là mái tranh, vách nứa. Tuy vậy tinh thần phục vụ thương bệnh binh, phục vụ chiến trường đều rất khẩn trương.

Cán bộ chiến sĩ quân y viện 71 đã phát động phong trào thi đua phục vụ bệnh nhân, làm theo tiếng gọi của tiền phương. Có khi lương thực hết, nhân viên phục vụ đã phải san sẻ tài sản, tư trang của mình để có tiền mua gạo nấu cơm cho thương bệnh binh. Sau khi Bác sĩ Nguyễn Tấn Phát chuyển đi, Bác sĩ Phan Quang Chấn được Cục Quân Y cử phụ trách Quân y viện 71.

Năm 1952 để phục vụ Chiến dịch Quang Trung (Hà Nam Ninh), Quân y viện 71 đã lập nhiều đội cấp cứu chấn thương phục vụ thương binh từ chiến trường đưa về. Trong điều kiện chiến đấu gian khổ và thiếu thốn, bệnh lao và phong cũng xuất hiện nhiều nên Quân y viện 71 đã tổ chức riêng khu phục vụ cán bộ, chiến sĩ bị mắc căn bệnh này.

Thời kỳ 1951-1954, phương tiện phục vụ còn thô sơ, trình độ của nhân viên y tế cũng có hạn, nhưng với lòng nhiệt tình cách mạng của cán bộ chiến sĩ Quân y viện 71 đã thu dung điều trị cho hơn 4.000 thương bệnh binh và 3.600 bệnh nhân lao quân đội, đóng góp sức mình chăm sóc sức khoẻ cho chiến sĩ, góp phần vào thắng lợi chung của toàn dân tộc.

Năm 1952, Đại tướng Võ Nguyên Giáp, tổng tư lệnh quân đội đã đến thăm và động viên khen ngợi sự cố gắng phục vụ thương bệnh binh của tập thể cán bộ chiến sĩ Quân Y viện 71 Thanh Hoá.

Năm 1954, chiến dịch Điện Biên Phủ toàn thắng, Hiệp định Giơ-ne-vơ được ký kết. Quân Y viện 71 chuyển về đóng tại Chợ Nhàng (Quảng Thành, Quảng Xương- Thanh Hoá). Thời gian này bệnh viện được tăng cường một số thầy thuốc từ Đại học Y khoa Việt Bắc về. Chế độ chuyên môn được củng cố và hoàn thiện dần. Cơ sở vật chất của Quân Y viện được xây dựng bước đầu vẫn là những dãy nhà tranh đơn sơ nhưng ấm áp tình người , tình đồng chí trong kháng chiến.

Có thể nói rằng trong 5 năm đầu tiên của lịch sử Bệnh viện 71 Trung ương, lúc đó là Quân Y viện 71 trực thuộc Cục Quân Y – Bộ Quốc Phòng, những trang lịch sử hào hùng của Bệnh viện đã được mở ra với những thành tích hoà chung trong cuộc kháng chiến gian khổ của Quân và Dân ta ngày càng trưởng thành và lớn mạnh. Quân Y viện 71 đã để lại trong lòng cán bộ chiến sĩ quân đội và nhân dân địa phương một cái tên thân thương và quen thuộc trong sự trưởng thành đi lên của ngành y tế cách mạng Việt Nam : Bệnh viện 71 Trung ương Thanh Hoá.